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1)空中交通
馬祖地區在南竿、北竿兩島各有一座機場，由立榮航空公司獨家經營，多數採用ATR72-600型70人座客機，少數採用DASH 8-200型37人座客機，從台北松山機場起飛，抵達南、北竿機場約只需50分鐘。
目前立榮航空每天從松山機場往返南竿六至九個班次，往返北竿三個班次。除了松山機場以外，立榮班機每天往返台中與南竿一個班次，航行時間約70分鐘。
如果因為天候關係遇到「南機北降」，下機後，可從北竿機場搭車前往白沙碼頭，再搭乘每小時一 班的南北竿交通船前往南竿福澳碼頭，航程約12分鐘。
訂位電話：
網路訂位
櫃台專線：
- 北竿機場：0836-56576
- 南竿機場：0836-26511
2)海上交通
前往馬祖，除了空中交通以外，可以從基隆搭乘臺馬輪，每星期六個航次（星期二停航），是旅客的另一種選擇。
由於臺馬輪需靠泊東引與南竿兩座碼頭，因此航班的安排為單日先開往南竿，雙日則先開往東引。如果是單日晚間開出的「先馬後東」航班，約次日早晨六點半抵達南竿福澳碼頭。若雙日晚間開出的「東馬東台」航班，約次日上午九時左右抵達南竿福澳碼頭。東引與南竿之間，臺馬輪的航程約兩小時。
新華公司臺馬輪網站
3)離島交通
1.南、北竿交通船：
南竿→北竿：07：00、08：00、08：30、09：00、09：30、10：00、11：00、12：00、13：00、14：00、15：00、15：30、16：00、16：30、17：10開航
北竿→南竿：07：30、08：30、09：00、09：30、10：00、10：30、11：30、12：30、13：30、14：30、15：30、16：00、16：30、17：00、17：30
聯絡電話：
- 南北海運股份有限公司 0836-22193、0836-55388
- 大和航業股份有限公司 0836-23406、0836-56599
備註：
- 購票時，請出示身分證或相關證明文件。
- 夏季(7、8月)視需求增加1航班18:00由南竿開往北竿，19:30由北竿開往南竿。
- 現場購票，全票160元、半票80元(請出示相關證件)、縣民全票110元、團體票150元(20人以上團體)
2.南竿-莒光交通船：
- 南竿->莒光：福澳港開船時間為07：00、11：00、14：30 每天3班
- 單月為先西後東：福澳港（50分鐘）->西莒（15分鐘）->東莒 （50分鐘）->福澳港
- 雙月為先東後西：福澳港（50分鐘）->東莒（15分鐘）->西莒 （50分鐘）->福澳港
（從南竿福澳港到東莒或西莒航程為55分鐘。現場購票，票價：全票200元，半票100元）
- 西莒開往東莒：07：30、10：00、14：00、17：10，航程約10分鐘
- 東莒開往西莒：07：35、10：05、14：05、17：15，航程約10分鐘
(現場購票：全票80元、半票40元)
備註：3歲以下、65歲以上及身心障礙者得享有半票優待。
南竿-東引交通船（臺馬輪）：
配合臺馬輪航班，南竿前往東引，上午9點20分以前在福澳候船大樓購票登船（周三無航班）；東引前往南竿，搭船前一日在新華公司服務處購票。全票350元、半票175元。
新華航業： 0836-26655（南竿）， 0836-77555（東引）
3.南竿-東引交通船（小白船）： 臺馬輪每週二航休，為輸運島上旅客，自民國104年5月1日開始，每星期三開航一班南竿往返東引交通船，上午10點30分南竿福澳港開航，12點東引返航，航行時間約1小時30分。請前往碼頭購票，全票350元、半票175元。航班至10月底為止。
4.大坵交通船：
大坵生態之旅交通船班以南竿福澳港為出發地，經北竿白沙前往大坵。
船班時間為4、5、9、10四個月每日上午09:10南竿出發往白沙，09:30白沙出發往大坵，12:00大坵返回白沙轉南竿；6、7、8三個月每日上午09:10南竿出發往白沙，09:30白沙出發往大坵，11:40大坵返回白沙轉南竿、下午14:40南竿出發往白沙，15:00白沙往大坵，17:00大坵返回白沙轉南竿。
全票為250元，優待票125元（3歲以上至12歲以下、65歲以上、及身心障礙者），3歲以下保險票25元。
預約電話：南竿0836-25151 、北竿0836-55388、傳真-0836-23999 東昇船舶公司
5.離島直昇機：
冬令期間開航。南竿往返東引每日只一架次，南竿往返莒光每星期一、三、五各一架次。
南竿--東引：每日中午12時40分開航，每趟最少需有設籍當地居民4人始可飛航，當日不足飛航人數時，則併入隔日飛行。遇2日以上無任何替代工具往返南竿、東引間時，不受最少搭乘人數及設籍條件限制。但每日最高以3趟為原則，當日旅客達12人以上啟動第2趟飛航機制，達20人以上啟動第3趟飛航機制。
- 東引票價：設籍馬祖民眾1200元、非設籍馬祖民眾5000元
- 莒光票價：設籍馬祖民眾800元、非設籍馬祖民眾3000元
（2歲以下免費、65歲以上及身心障礙者半票優待）
離島海空交通常用電話：
- 連江航業公司：0836-22503
- 南竿－莒光航線：佶星航業 0836-22754
- 南竿－北竿航線：南北海運 0836-22193、大和航業0836-22130
- 東莒－西莒航線：莒光海運行 0937-505849（西莒）、0928-094686（東莒）
- 港務處：0836-22948
- 南竿福澳碼頭服務台：0836-26760
- 北竿白沙碼頭服務台：0836-55388
德安航空公司直昇機訂位電話：
- （南竿）0836-25350
- （東莒）0836-88131
- （西莒）0836-89007
- （東引）0836-77071
立榮航空訂位電話：
專線電話：02-25086999
立榮航空櫃台專線：
- 北竿機場：0836-56576
- 南竿機場：0836-26522
港務處資訊： http://www.mtha.gov.tw/FlightInfo/MonthInfo.aspx
更多離島交通資訊：
http://www.matsu-nsa.gov.tw/User/Article.aspx?a=129&l=1
4)陸上交通
馬祖首善之區的南竿，陸上交通工具除了計程車以外，尚有：公車、出租巴士、出租九人座廂型車、出租機車、自行車出租等多種選擇。
在南竿馬祖自助旅遊，可以選擇最平民化的交通工具--公車，公車票價為15元，全日不限次數的「公車一日卷」為50元，隨車販售，十分便利。
另外，機車也是很最普遍的交通工具，機車出租價格都是全日600元、半日400元，加滿油。若是團體出遊，建議租用27人座中型巴士；小型團體與家庭，可租用九人座廂型車。
注意事項
- 地區道路坡陡，且彎路多，若租用機車代步，請留意慢行。
- 地區計程車都有跳錶，但也可以議價。一般而言，機場、碼頭及山隴市區的排班計程車，收費行情為150元（遠程為200元或議價），但為避免爭議，可請司機按錶收費。
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聖托里尼民宿位於馬祖南竿鄉的清水村，鄰近國家級清水濕地內，周邊景點有馬祖民俗文物館、福清步道、清水濕地，馬祖傳統美食餐廳、24小時營業的7-11便利商店，是您出差、洽公、旅遊、探親的最佳選擇。 
馬祖南竿景點: